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Le système cartésien est enraciné dans la métaphysique qui s’impose avant (non plus après : meta) la physique. Pourtant, Descartes découvre avec Beeckman la “physico-mathématique”, qui applique une “méthode mathématique” à toute la nature. Optique, dioptrique et météores occupent ses années parisiennes. Aux Pays-Bas, il consacre neuf mois au “commencement de la métaphysique”, mais l’abandonne quand il apprend l’existence de faux soleils. Leur explication lui fait élargir la science à l’ensemble du Monde à partir “de la lumière”. Il fera connaître sa méthode dans le Discours, avec un résumé de sa métaphysique.
Comment Descartes avait-il été incité à démontrer que l’existence de Dieu est plus certaine que les mathématiques? Quels furent les thèmes nouveaux des Méditations? Alors, l’arbre de la philosophie va déployer ses branches, jusqu’à ce dernier fruit, la générosité. Seule la mort interrompt La Recherche de la Vérité, son “principal bien en cette vie”.