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Les margines sont des effluents liquides résultant de la presse des olives. Elles correspondent aux eaux de végétation diluées avec les eaux du process, et sont, par conséquent, riches en composés hydrophiles tels que les composés phénoliques. Ces substances s'avèrent très actives vis-à-vis des microorganismes. Ainsi, cette étude a porté sur la caractérisation microbiologique et biochimique de margines dont l'approche est de montrer que l'existence d'un microbiote dans ce biotope sous-entend sa disposition d'un arsenal enzymatique adéquat pour leur transformation. Les margines collectés s'avèrent acides (pH = 4,8) et trop chargées en matières organiques (DCO= 1300mg O2/l). En outre, ces sous-produits sont riches en composés phénoliques (PT= 2,2 µg/ml). La caractérisation microbiologique de ces margines a révélé la présence de : trois souches bactériennes Gram positif (Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis et Bacillus subtilis), 5 types de champignons (Penicillium sp, Aspergillus niger, Aspergillus ochraceus, Aspergillus fumigatus et penicillium chrysogenum), et une seule espèce de levure (Saccharomyces cerevisiea).