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Au cours de la décennie 2006-2016, les inondations enregistrées en Afrique de l'Ouest ce sont accrues dans un contexte de baisse de la pluviométrie. La présente étude vise à analyser les facteurs de la recrudescence des crues et des inondations dans le bassin du fleuve Niger au Bénin plus précisément dans les Communes de Malanville et Karimama. Elle a été réalisée par le biais de la Méthode Accélérée de Recherche Participative (MARP). Les données qualitatives et quantitatives recueillies sur la période 1954-2013 ont été traitées aux moyens des logiciels Excel et Arc-GIS 10.3. Les résultats obtenus indiquent que plusieurs facteurs naturels et anthropiques aggravent les inondations dans bassin du fleuve Niger au Bénin. Ils sont relatifs à la proximité des deux Communes par rapport au cours principal du fleuve, à l'ensablement, à la dégradation du couvert végétal, à l'occupation anarchique des rives du fleuve et à l'intensification des activités agricoles dans les plaines inondables.